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A história gira em torno de Haruka Nanase, um garoto que sempre amou estar imerso na água e nadar nela. Antes de se formar na escola primária, ele participou de um torneio de natação junto com seus colegas do clube de natação, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki e Rin Matsuoka. Após alcançarem a vitória, cada um dos garotos seguiu seu próprio caminho. O tempo passou, e no meio de suas vidas colegiais sem grandes acontecimentos, Rin aparece e desafia Haruka para uma competição, mostrando a Haruka seu poder esmagador. Não querendo que terminasse assim, Haruka reúne Makoto e Nagisa novamente e traz um novo membro chamado Rei Ryugazaki para criar o Iwatobi High School Swimming Club a fim de derrotar Rin.