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Yashiro Isana viveu uma vida relativamente comum e simples. Ele mora na tecnologicamente avançada Cidade de Shizume e frequenta a Ashinaka High School, uma escola notável localizada em uma ilha nos arredores. Yashiro é amigável com todos. Nada parece errado com ele, exceto talvez seu hábito de esquecer onde está seu PDA escolar. No entanto, nada de normal tem acontecido desde o recente assassinato de Tatara Totsuka, um membro proeminente da infame HOMRA. Ninguém sabe exatamente quem o matou, mas o homem responsável possui uma aparência estranhamente idêntica à de Yashiro. Buscando vingança, os Red Clansmen da HOMRA partem para capturar e matar Yashiro. Todos suspeitam que Yashiro é o assassino.